visitando wwwhatsnew me entero de estas 13 alternativas para vender productos en internet unas si pueden llamarse tiendas y otras como bien lo dicen ellos  alternativas para el comercio electronico:

osCommerce: Comenzamos con una de las opciones más conocidas.  tiene varias opciones para personalizar la estética y prácticamente todos los sistemas de pago aceptados. Programada para recibir muchas visitas de Google gracias a su trabajo excelente en SEO.

Zen Cart: Podriamos decir que la competencia visible de osCommerce, con posibilidad de visualizar los productos como matriz, lista o galería, Zen Cart es muy fácil de instalar y muy intuitiva en su uso. Como la mayoría de las nombradas aquí, usa PHP con MYSQL.

PrestaShop: Un scrip un poco mas limpo y agradable, puede ser para tiendas mas pequeñas y que no necesiten demaciados productos,  Acepta Paypal y pueden integrarse otros temas y formas de pago

simpleCart(js): Script que no necesita ni base de datos para funcionar.  Este se ve muy bien para personas que solo quieran vender productos especificos y pocos en ves de implementar una tienda solo un script , se que integra con paypal y muy limpio creo que lo tendre que provar para ver que tal esta.

Si quieres checar mas alternativas lo puede hacer en:

13 aplicaciones de comercio electronico y de codigo libre